Genoavel

GenoAvel - Genomisk selektion för mer produktiv röding i Sverige
Jordbruksverket – Innovationsprojekt inom vattenbruk
Huvudsökande:
Christos Palaiokostas, SLU
Sammanfattning:
Detta projekt syftar till att öka produktiviteten, resurseffektiviteten och djurvälfärden inom odlingen av fjällröding i Sverige. Målet är att utveckla och praktiskt tillämpa moderna, genomiska avelsverktyg för att förbättra avelsurvalet för hälsa. Projektet kommer att genomföras i nära samarbete mellan SLU och Vattenbrukscentrum Norr AB.
Genomisk selektion är en banbrytande teknik som håller på att bli den allmänt vedertagna urvalsmetoden i avelsprogram. Vid genomisk selektion identifieras genetiskt överlägsna djur baserat på deras DNA-profil. Mer specifikt använder man molekylära markörer som "single nucleotide polymorphisms" (SNP), som finns i miljontal i genomet hos levande organismer, för att få mer detaljerad information om varje individs genetiska värde.
Den DNA-information som krävs för genomisk selektion erhålls vanligtvis genom SNP-chip. SNP-chip ger möjlighet att samtidigt analysera tiotusentals fördefinierade SNP-markörer i samma DNA-prov. Genomisk selektion med SNP-chip används i alla större kommersiella avelsprogram inom vattenbruket utomlands (Boudry et al. 2021), eftersom det är den mest exakta metoden för att sammanställa DNA-profiler i stor skala. För närvarande finns inget SNP-chip som är skräddarsytt för svensk, eller ens för nordisk fjällröding. Därför kan den svenska näringen fortfarande inte utnyttja den fulla potentialen i moderna selektiva avelsmetoder.
I vårt projekt kommer vi att utveckla ett SNP-chip skräddarsytt för svensk fjällröding som möjliggör tillämpning av toppmoderna avelsmetoder. Sedan kommer vi implementera chippet i produktionen i syfte att förbättra resistens mot renibakterios (BKD).Implementeringen innebär också att vi kommer att registrera sjukdomsresistens hos svensk fjällröding vid olika försöksanläggningar.

EpiBreedchar

EpiBreedCharr - Epigenetiskt driven avel på odlad röding (2023-2026)
Formas - årliga öppna utlysningen 2022 - forskare tidigt i karriären
Huvudsökande:
Christos Palaiokostas, SLU
Sammanfattning:
Det övergripande målet med projektet är att göra avelsmetoder för odlad fisk mer effektiva med hjälp av epigenomisk information. Specifikt kommer vi att undersöka effekten av att inkludera epigenomisk profilering av avelskandidater i selektionsprocessen för att tackla problemet med reducerad hanlig fertilitet hos odlad röding. Det pågående nationella avelsprogrammet har lett till stora förbättringar för odligen av röding i Sverige. Industrins expansion begränsas dock av den stora variationen i reproduktionsframgång hos odlad fisk. Möjligheten att förbättra aveln för fertilitet med hjälp av epigenomik är outforskad. Epigenetiska modifikationer som DNA-metylering påverkar djurens egenskaper, bland annat deras reproduktion. Ingen studie har hittills försökt använda epigenomisk information till avel inom vattenbruk. Detta projekt kommer att applicera de senaste sekvenseringsteknikerna för att ta fram detaljerad kunskap om DNA-metylering hos rödingar från det nationella avelsprogrammet, och identifiera delar av genomet som är påverkar med hanlig fertilitet. Projektet kommer avsevärt förbättra vår kunskap om denna potentiella tillämpning av epigenomisk information inom avelsprogram för vattenbruk. Samtidigt kan projektet vara avgörande för odling av röding i Sverige, då en förbättrad reproduktionsframgång kan hjälpa näringen att expandera i hela landet.

Selma

Selma: Upprättande av smittfri produktionsbas för regnbåge
:
Jordbruksverket – Djurs hälsa och välfärd
Huvudsökande:
Henrik Jeuthe, VBCN
Sammanfattning:
En smittfri produktion av fisk förutsätter tillgång till en garanterat smittfri källa för avelsmaterial och stamfisk samt en enkelriktad produktionskedja med utgång i denna källa. Det svenska avelsprogrammet för regnbåge, utfört under SLU:s regi vid Vattenbrukscentrum Norr AB i Kälarne utgör en källa av smittfri regnbåge. Men avelsarbetet har inte pågått så länge och tillräckliga framsteg för att göra denna regnbågsstam eftertraktad hos näringen har ännu inte nåtts. Åtgärder måste därför tas för att tillgängliggöra en (genetiskt och fysiskt) högkvalitativ regnbåge som är garanterat smittfri för den svenska regnbågesnäringen.
Det föreliggande projektet syftar till att omedelbart förbättra kvaliteten på regnbågsstammen inom det svenska avelsprogrammet genom introduktion av nytt genetiskt material. Introduktion av nytt material kräver transport av befruktad rom från andra anläggningar till Kälarne, vilket i sin tur kräver stränga smittskyddsåtgärder och sjukdomsscreening av det externa materialet. Vidare kommer det befintliga smittskyddet i Kälarne förbättras genom installation av filter- och UV-behandlingsystem för inkommande vatten till kläckeriet. Insatsen kräver resurser som inte kan täckas av befintlig statlig finansiering av avelsprogrammet, varför extra medel söks här.
Målet efter utförd insats är att avelsprogrammet och VBCN ska kunna förse hela den svenska regnbågsnäringen med ett avelsmaterial som håller en kvalitet som uppskattas av både uppfödare och konsument och som är garanterat smittfri. Enkelriktad distribution av rom och sättfisk från avelsprogrammet via näringens uppförökningsanläggningar kommer förebygga spridning av smitta eftersom det minskar behovet av att flytta fisk fram och åter mellan olika anläggningar och att introducera fisk med osäker sjukdomshistorik från andra företag och länder. Det kommer även underlätta smittspårning i de fall sjukdomar ändå upptäcks. På så vis gynnas hälso- och välfärdsstatusen så väl som konkurrenskraften hos svensk fiskuppfödning.
För mer information kontakta Henrik Jeuthe

Fertilitet hos röding

Förbättrad reproduktion hos röding med nya sekvenseringstekniker (2024-2027)
Formas - årliga öppna utlysningen 2023 - forskare tidigt i karriären
Huvudsökande:
Khrystyna Kurta, SLU
Sammanfattning:
Projektet kommer att identifiera de främsta faktorerna som påverkar fertilitet hos rödinghanar och bedöma i vilken utsträckning de förklarar den låga reproduktionsförmågan hos svenskodlad röding. Flera parametrar kommer att undersökas, såsom ålder, provtagningstidpunkt under lekperioden och genetik. Slutligen kommer vi att med hjälp av RNA-sekvensering analysera den möjliga effekten av hanarnas reproduktiva dysfunktioner på avkomman.
För mer information, besök projektsidan på SLU:s web:
Boosting the reproductive performance of Arctic charr using high-throughput sequencing technologies | Externwebben (slu.se)

Foto: Jörgen Wiklund